原文以 Time for the data to speak 為標題
發佈在 2017 年 8 月 2 日的《自然 - 生物技術》社論上
標題：是該數據說話的時候瞭
doi:10.1038/nbt.3938
一項宣稱通過 Argonaute 酶實現基因編輯的研究被撤回，這顯示瞭論文發表後的同行評議在全天候媒體時代的重要性。
本期，韓春雨及同事撤回瞭發表於去年 5 月的一篇論文。該論文稱，短 5′ 磷酸化單鏈 DNA 可引導格氏嗜鹽堿桿菌核酸內切酶（NgAgo）產生雙鏈斷裂，實現對人類基因組的編輯。論文一發表，便引起科研人員的極大興趣和媒體的競相報道。但是很快，在推特、博客和其它社交媒體的助燃之下，有關該研究可重復性的質疑開始迅速增多。去年 11 月，本刊發表瞭 "編輯部關註"（Editorial Expression of Concern），提醒科研界留意這些可重復性方面的擔憂。為瞭最終解決這個爭議，多個研究小組在數月裡生成瞭更多的實驗數據。如今塵埃落定，這也是世界各地的許多實驗室為澄清 NgAgo 的功能而付出的大量時間、精力和資金的證明。
韓春雨的這篇論文自去年發表後所產生的影響力，再怎麼誇張地說也不為過，尤其是在論文的來源地中國。中國媒體紛紛進行報道，以大標題宣告一項全新基因編輯系統的發現。這無疑是一篇中國去年被報道最多的論文；媒體監測公司融文（Meltwater）的數據顯示，僅在論文發表後的最初兩個月，就有將近 4000 篇相關的中文新聞報道。
NgAgo 的轟動之處集中在它有可能補充，甚至取代 CRISPR/Cas9 基因編輯系統之一點上。NgAgo 有望以一個目標序列進行基因編輯（Cas9 不僅需要目標序列，還需要另外一個附近的識別（PAM）序列）。而且，初始數據還顯示瞭它在其它方面的優勢，如引物的穩定性更強（DNA 相對於 Cas9 采用的 RNA），增強特異性，減少基因組編輯脫靶，改善在基因組富含 GC 區域的活性，以及使所用的試劑更易於合成和處理。
如果說這一切都聽上去太過美好而令人難以置信，那麼去年夏天以來，隨著越來越多的實驗室無法重復該論文所報告的基因組編輯功能，質疑聲便開始出現瞭。在各種基因組編輯會議上，在新聞討論組和電子郵件中，這篇論文成為最熱話題之一。這很快便引起媒體註意，有關該初始報告有效性的正反兩方面的聲音開始交鋒。我們內部的圖像完整性篩查沒有發現韓春雨論文的明顯異常，復查數據的三位外部評審人也持相同觀點。
在此期間，《自然 - 生物技術》一直與科研界保持聯絡，關註各種為重復論文所做的持續努力。最終，在編輯們的協調下，三個獨立小組的成果形成瞭一篇單獨的反駁性論文，並通過瞭同行評議 ( Nat. Biotechnol.34, 768 – 773, 2016 ) 。有瞭這些數據，我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問題，我們將正式的 " 編輯部關註 " 發表在該篇論文所在的網址上，此舉得到包括韓春雨在內的兩位論文作者的支持。
我們也詢問瞭論文作者是否可以解答科研界為何難以重復他們的結果。於是，去年 12 月，韓春雨及同事，還有另外幾個與本刊聯系的獨立研究小組，提供瞭新的數據，稱已經重復瞭 NgAgo 基因編輯活性。當時，本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數據太過初級，不滿足發表標準。因此，我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時間來收集更多的能支持其論點的實驗證據。
現在，距原論文發表已過去瞭一年多，我們瞭解到當初曾報告說初步成功重復出實驗結果的獨立研究小組，無法強化初始數據，使其達到可發表的水平。類似的，在征求專傢評審人的反饋意見後，我們判定韓春雨及同事提供的最新數據不足以反駁大量與其初始發現相悖的證據。我們現在確信韓春雨的撤稿決定是維護已發表科研記錄完整性的最好做法。
這篇有關 NgAgo 的論文發表出來，並不是科研過程的結束，而是開始。與任何其它發表出來的報告一樣，正是廣大的科研共同體對相關方法進行瞭檢驗，識別潛在的錯誤來源，驗證試劑並優化試驗。在本例中，有多位敬業的研究者個人對已發表實驗方法的各種細節進行檢驗，並完成記錄翔實和有對照組的反駁性研究 ( Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349 – 1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017 ) 。
這篇 NgAgo 論文也顯示瞭社交媒體的利與弊。顯然，這些平臺對於迅速提醒廣大科學界留意該論文可能存在的問題發揮瞭重要作用。但是，它們也抬高瞭人們的預期，以為有關這篇論文的問題是直截瞭當，可以快速解決的。然而，關於 NgAgo 的各種問題是無法在幾個星期或幾個月內就能澄清的，這是有原因的。即使是簡單的實驗也需要花費數周來準備、實施、分析和解決出現的問題。另外於事無益的是，那些進行可重復性研究的人，其付出的努力往往得不到回報——這樣的工作單調乏味，沒有資金支持，還吃力不討好。
難怪在希望得到快速、明確答案的全天候媒體和公眾眼中，論文發表後的同行評議流程似乎慢得讓人沮喪。但是，當涉及生物學時，往往沒有明確的答案。當研究重復性時，有一點我們是知道的，那就是這需要花時間來做。就這篇有關 NgAgo 的論文而言，現在是時候瞭，數據已經說話瞭。
社論鏈接：
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html
以下是來自作者的撤稿聲明：
Retraction: DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute
Feng Gao, Xiao Z Shen, Feng Jiang, Yongqiang Wu & Chunyu Han
Nat. Biotechnol. 34, 768 – 773 ( 2016 ) ; published online 2 May 2016; addendum published after print 28 November 2016; retracted 2 August 2017; doi:10.1038/nbt.3547
We are retracting our study because of the continued inability of the research community to replicate the key results in Figure 4, using the protocols provided in our paper. In this figure we report that the Natronobacterium gregoryi Argonaute can efficiently create double-strand breaks and edit the genome of human cells using 5 ʹ phosphorylated single-stranded DNA as a guide. Despite the efforts of many laboratories ( Protein Cell 7, 913 – 915, 2016; Nat. Biotechnol. 35, 17 – 18, 2017; Cell Res. 26, 1349 – 1352, 2016; PLOS One12, e0177444, 2017 ) , an independent replication of these results has not been reported. We are therefore retracting our initial report at this time to maintain the integrity of the scientific record. We nevertheless continue to investigate the reasons for this lack of reproducibility with the aim of providing an optimized protocol.
撤稿聲明鏈接：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html
中文翻譯版本：
撤稿：利用 NgAgo 進行 DNA 引導的基因組編輯
高峰，沈嘯，薑峰，武永強和韓春雨
Nat. Biotechnol.34, 768-773 ( 2016 ) ; 2016 年 5 月 2 日在線發表，論文進入印刷版後 2016 年 11 月 28 日在線發表補編；2017 年 8 月 2 日撤稿；doi:10.1038/nbt.3547
由於科研界一直無法根據我們論文提供的實驗方案重復出論文圖 4 所示的關鍵結果，我們決定撤回這項研究。在該圖中，我們報告說，利用 5′ 磷酸化單鏈 DNA 作為引導，NgAgo（Natronobacterium gregoryi Argonaute）能夠有效引起雙鏈斷裂，並對人體細胞基因組進行編輯。雖然許多實驗室都進行瞭努力（Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017 ) ，但是沒有獨立重復出這些結果的報告。因此，我們現在撤回我們的最初報告，以維護科學記錄的完整性。不過，我們會繼續調查該研究缺乏可重復性的原因，以提供一個優化的實驗方案。
