9 月 11 日，上海綠地申花俱樂部官方宣佈，主帥波耶特向申花提出辭職，申花技術總監吳金貴成為球隊主帥。
2016 年 11 月 29 日，上海綠地申花俱樂部官方宣佈波耶特將出任球隊新賽季主帥。波耶特執教申花新賽季的首場比賽，是亞冠附加賽（資格賽第 3 輪）主場與佈裡斯班獅吼的比賽。申花在主場作戰的情況下以 0-2 失利，時隔 6 年重返亞冠的希望破滅。當時，申花俱樂部和申花球員怨聲載道，波耶特首次面臨下課危機。
隨著聯賽的揭幕，首戰 4 球大捷的申花一度占據積分榜次席。在亞冠附加賽出局後，一門心思打聯賽的申花表現並不穩定，聯賽排名一度跌至第 12 位，波耶特也多次受到外界的質疑。若不是波耶特率隊殺入足協杯 4 強，申花還有爭冠希望直通亞冠的話，烏拉圭教頭恐怕早就下課瞭。
昨晚，申花在虹口先進一球的情況下，被為保級苦苦掙紮的建業 2-1 逆轉。至此，申花慘遭 4 連敗，連續 5 輪比賽不勝僅得 1 分。目前申花僅排名第 11 位，距離降級區有 8 分差距，稍不留神就會跌入萬劫不復的泥潭。在聯賽中還有降級的危險，而且本周末申花將與勢頭很猛的上港進行滬上德比，申花極有可能出現 5 連敗的局面。為瞭扭轉頹勢，申花高層再也坐不住瞭，終於做出瞭讓波耶特下課的決定。盡管申花官方表示是波耶特辭職，但這也是申花給烏拉圭教頭一個體面的告別罷瞭。
附申花官方公告全文：
波耶特先生今天正式向上海綠地申花足球俱樂部提出辭呈，經俱樂部研究決定，同意波耶特先生的辭職申請，即日起波耶特先生不再擔任上海綠地申花足球隊主教練一職。上海綠地申花足球俱樂部技術總監吳金貴先生出任球隊主教練。 俱樂部衷心感謝波耶特先生及其團隊近一年來克服諸多困難以及不利因素所付出的辛勤努力，祝福他和團隊成員未來的工作生活一切順利！ 目前，球隊正處於非常困難的時期，希望在吳金貴指導的帶領下，全體教練組成員和球員能在較短時間內調整好狀態和心態，統一思想、重塑精神、扭轉頹勢，以嶄新的精神面貌來迎接之後的中超聯賽和足協杯賽事，力爭以良好的成績回報廣大關心和支持申花的球迷朋友。
