彈道導彈和巡航導彈在軍事上有大量使用，兩者的使用比率相當，使用原理不同，運用領域不同。最大的區別點就是是否可以脫離大氣層的限制，巡航導彈的運動軌跡是直線型的，而彈道導彈的運動軌跡是拋物線形的。
巡航導彈所使用的動力來源是渦噴或者微單發動機，這個先天條件限制，使得巡航導彈隻能在大氣層中飛行。大多數的巡航導彈速度都是比較慢的，最多隻能達到亞音速，所以相對於彈道導彈來說巡航導彈是很容易攔截的。
雖然巡航導彈看起來非常的弱，但他在軍事上還是有大量使用的，主要是它的精確性是很好的，一般要炸毀某一重要陣地的時候都會用到巡航導彈，而彈道導彈則是用於炸毀面積比較大的目標，它的靈敏程度不強，但是不太容易被攔截，所以很適合用來作為偷襲性武器。
而且相對於巡航導彈來說，彈道導彈有一個非常致命的弱點。彈道導彈一旦發射，中途是不可以改變飛行方向的。這個使得彈道導彈的發射命令必須做的非常的審慎。他就像是一個 boss 一樣，隻能在最關鍵的時刻經過詳細的考慮才能使用，而循航導彈就像是小兵一樣，指哪打哪兒，數量眾多。
而且巡航導彈的精確度范圍也是在可以接受的范圍之內的，他的突防能力也比一般導彈要強。巡航導彈的制導方式是是 GPS 加上慣性引導，有些時候還會用上影像引導。這個就相當於是代替瞭人的眼睛代替瞭人親自去到現場的效果。目前巡航導彈中在目標區上空盤旋時間最長的記錄是兩個小時。
